Клиничните фактори при диагнозата и/или ендоскопските находки могат да предвидят курса на БК. Това трябва да се вземе предвид, когато се взема решение какво лечение да се използва.
Проучванията сочат, че следните фактори предразполагат към по-тежко заболяване в рамките на пет години след диагнозата:
- перианално засягане
- заболяване в края на тънкото черво и в началото на дебелото черво
- млада възраст в момента на диагностицирането, и/или
- необходимост за лечение на първото обостряне със стероиди.
Съществува увеличаващо се количество доказателства, че по-ранната интензивна терапия с биологични агенти може да доведе до оздравяване на лигавицата и ранна трайна ремисия без стероиди.