Ендоскопията на тънкото черво с капсула (SBCE) трябва да се обмисля, само когато илеоколоноскопията и образните изследвания са били отрицателни, но Вашият лекар все още силно подозира БК. В такъв случай SBCE може да спомогне да се потвърди, че нямате БК. Ако е необходима биопсия, експерт може да проведе ентероскопия чрезмедицинско изделие. Такава може да се извърши също, когато са необходими ендоскопска терапия, като например дилатация (разширяване на лумена) на стриктури, изваждане на заседнала капсула или лечение на кървене. SBCE е нов метод, който позволява на лекаря да види пряко лезиите на тънкото черво, които може да не бъдат видени при колоноскопско изследване или образните изследвания. Това представлява ефективно диагностично средство при БК в тънкото черво, но не може да бъде използвано, ако пациентът има чревни обструкции, стриктури или фистули, имплантирани електромедицински изделия (например пейсмейкъри) или нарушения в гълтането.