За надеждна диагноза на БК трябва се вземат биопсии. Те трябва да включват поне две биопсии от поне пет участъка по хода на колона (включително ректума) и от края на тънкото черво. Анализ на серия от биопсии от цялото дебело черво води до най-надеждната диагноза на БК. Биопсиите трябва да се вземат, както от зони, които са засегнати, така и от такива, които не са засегнати от заболяването. При последващи изследвания, може да се използва по-малък брой биопсии, за да се потвърди диагнозата, а при проследяването след оперативни интервенции, трябва да се вземат биопсии, когато се подозира рецидив на заболяването. При пациентите с колостомна торбичка, биопсиите трябва да се от участъка от тънкото черво, който свършва в торбичката, ако се подозира БК. Ако се подозират ранни стадии на рак, се вземат множество биопсии.